人类具有适应自然环境变化的能力，我们现在的微生物群落的巨大差异在一定程度上代表了我们对不断变化的自然环境的进化适应。然而现在，发生在我们的微生物身上的很多事情已经不仅仅只是我们不断变化的环境的表现，很大程度上也可能是许多现代实践或科学创新的结果。这些现代实践可能由于利润和便利的驱使被错误的宣传为有益的或必要的，而一些所谓的科学创新可能还没有通过严格的测试进行充分的评估来排除对微生物健康造成危害的可能性，这可能都非常不利于我们的健康。
现代医学实践一些在紧急情况而产生的医疗程序现在已经成为常规，比如，健康人使用抗生素以预防可能只在少数情况下发生的感染已经变得很常见。让我们来仔细看看一些破坏我们微生物健康的非常常见的医疗实践。
剖腹产
据说凯撒大帝（Julius Caesar）就是剖腹产出生的，因此而得名Caesar，因为它与剖腹产的英语caesarian很接近。因此，在西方，剖腹产也被称为凯撒大帝剖腹产或君王剖腹术。传说后来的一项古罗马法令允许在母亲死亡或垂死时用剖腹产来拯救婴儿的生命。直到19世纪末，人们才开始相信孕妇可以通过这种手术而存活下来，但是即便如此，剖腹产手术也只是在母亲存活期望非常低的极其恶劣的环境下进行。
然而现在已经不是这个样子了。1985年以来，国际医疗卫生界认为剖腹产率保持在10-15%之间是最为理想的。然而，在发展中国家及发达国家，剖腹产均变得越来越普遍。国家卫健委发布的《中国妇幼健康事业发展报告》（2019年）的数据显示，2018年全国剖腹产率为36.7%，虽然较2010年世界卫生组织调查的数据（46%）明显降低，但是仍然远远超过世界卫生组织对剖腹产率设置的警戒线15%。虽然一些剖腹产在医学上是必要的，比如胎儿窘迫、胎位异常、脐带脱垂、子宫破裂等等，然而有很大一部分并不是出于医疗需要，完全可以自然分娩。当符合剖腹产医学指征时，实施剖腹产可以有效地预防孕产妇死亡和围产儿死亡及相关疾病。但是，没有证据可以证明对不符合指征的孕妇实施剖腹产仍然可使母婴受益。在过去的一个世纪里，剖腹产产妇的情况有了很大的改善，但是剖腹产仍然伴随着很多风险，尤其是对后代的微生物群落。
顺产出生的婴儿在通过母亲产道时会被乳酸菌和来自母亲的其它有益微生物定植，而剖腹产婴儿错过了这一重要步骤，通常会被医院里不太理想的细菌所定植。剖腹产出生的婴儿由于保护性微生物的定植水平较低，其患哮喘、过敏、1型糖尿病和其它自身免疫性疾病的几率更高。剖腹产婴儿肥胖的风险增加了近50%。剖腹产出生并在生命早期接受抗生素治疗是一种双重打击，如今很多儿童都是这种情况，会导致日后肥胖和疾病的风险更高。
尽管有的时候我们没有办法选择我们的出生方式，科学家们提出了一种方法，给剖腹产婴儿重新播种”他们错过的那些微生物。这是一个简单但是聪明的主意：剖腹产出生后立即用浸在母亲阴道液中的纱布擦拭婴儿，以便让母亲产道中的基本细菌在婴儿体内定植。在我们现代的医疗体系中，我们所做的与自然的意图恰恰相反，我们会在婴儿出生后就给他们洗澡，其实这清除了作为其主要保护来源的微生物。
像剖腹产这样的医学创新在某些紧急情况下确实可以挽救生命，但是如果不加区别地使用，风险收益就会发生巨大变化。安排剖腹产的便利性是不可否认的：可以选择你想要接生的人、地点和时间，同时避免阴道分娩的不可预测性。但是除了对婴儿微生物群落的打击，剖腹产对母亲也有很多风险：感染、出血、血栓、膀胱或肠道损伤、未来怀孕并发症的发生率更高以及阴道分娩死亡率的三倍。至于婴儿，在自然条件尚未成熟的情况下就被强行拽出来，会增加呼吸问题的几率，还会增加在新生儿重症监护室的时间。
生孩子是我们最与生俱来的能力之一，但是生孩子已经成为一种高度医学化的过程。如果你打算要孩子或者已经怀孕正在考虑选择哪种方式分娩，剖腹产的利弊真的值得你认真考虑。
孕期使用抗生素
几乎一半在医院分娩的孕妇和几乎所有接受剖腹产的孕妇都会接受抗生素的治疗，大多数治疗是由于B组链球菌的定植，而其它许多情况是为了避免可能出现的感染。其实，大约25%的健康女性的阴道中都存在B组链球菌，所以很多孕妇的检测结果呈阳性。绝大多数B组链球菌阳性的母亲所生的婴儿是完全健康的，只有大约1/200的新生儿中，B组链球菌可能与严重疾病有关。因此，在现代医学实践中，为了防止一小部分婴儿出现潜在的问题，我们在妊娠晚期或分娩期间给大多数健康的、无症状的孕妇预防性的使用了抗生素，使她们和她们的新生儿接触到这些药物。
大多数人从来没有被明确询问过是否愿意接受治疗，或者被告知她们已经接受了治疗。当然，她们通常也并不知道让新生儿接触广谱抗生素的危害。如果抗生素是好东西，那么使用少量抗生素来预防疾病没啥问题，但是事实并非如此。正如我们在《你真的了解抗生素吗？它是魔鬼中的天使》一文中讨论的那样，不可否认的事实是抗生素会不加区分的杀死有害微生物和有益微生物，包括对我们至关重要的乳酸菌和双歧杆菌，这并不能减少她们随后的感染，反而可能使她们面临更多的感染，因为很多保护性的细菌物种减少了。婴儿在出生时接触抗生素会使其肥胖风险增加84%，因为抗生素会影响他们体内微生物群落的发育，就像剖腹产婴儿日后患哮喘、过敏和自身免疫性疾病的几率要高得多一样。如果你正考虑怀孕，一定要记住，怀孕期间尽量避免抗生素的使用，如果你在怀孕期间接触抗生素，不仅你的微生物群落可能出现异常，你的宝宝也会异常。
婴幼儿配方奶粉
女性可以为她们的婴儿制造食物并随身携带，不需要冷藏、不需要灭菌，那就是母乳。更令人难以置信的是母乳和婴儿微生物群落之间的协同作用。母乳中不可消化的碳水化合物可以促进婴儿体内有益微生物的生长，而这些微生物反过来又可以帮助抵御母亲乳头上的那些不友好的细菌。
母乳喂养是我们促进婴儿微生物发育的重要组成部分，当母乳喂养被配方奶粉所取代时，我们可以看到巨大的差异。没有接受任何母乳喂养而采用配方奶粉喂养的婴儿存活率比母乳喂养的婴儿低20%，而在卫生条件较差的国家和地区，这种差别甚至更大。与剖腹产婴儿一样，配方奶粉喂养的婴儿也有更高的过敏、哮喘和自身免疫性疾病的发病率。
毫无疑问，母乳中还有无数未被发现的成分，它们被用于滋养婴儿的微生物群落，这就是为什么人工配方奶粉无法与之媲美之处，也是为什么我们能在婴儿断奶后很长一段时间内继续看到母乳喂养的健康益处并一直持续到成年。
对于那些由于母乳缺乏或其它各种原因无法母乳喂养的婴儿来说，补充配方奶粉无疑是一个合理的选择。然而，一些女性因为担心母乳喂养诱发乳房下垂、影响身材恢复而拒绝母乳喂养；而一些医疗从业者受利益驱使，将母乳喂养作为一种个人选择，告诉女性，如果她们不喜欢母乳喂养，那么完全没有问题，并建议配方奶粉也是一种同样的选择。这是完全错误的。为了孩子的健康，应尽可能进行纯母乳喂养，尤其是生命的前几个月。为了避免自己的痛苦而拒绝母乳喂养，最终的痛苦可能都将报复”在孩子身上。
值得注意的是：
现代很多人已经形成思维定势，认为非紧急剖腹产、婴儿配方奶粉和预防性使用抗生素是现代医学的进步，它们至少不会造成伤害，而且可能是有益的。然而，事实并非如此。
以前我们不了解我们身体内的微生物小伙伴，最近十多年来，我们已经越来越意识到这些微生物对于我们健康的重要性。剖腹产、配方奶粉喂养和预防性使用抗生素无一例外的都会对婴儿的微生物群落产生负面影响，这可能为婴儿后期的健康埋下一个定时炸弹”。
对于那些准备怀孕或已经怀孕的女性，一定要注意，为了孩子的健康，在怀孕和分娩期间应该尽可能的减少医疗措施的干预：不符合剖腹产指征的孕妇不要随意选择剖腹产；坚持母乳喂养至少一年；除非感染危及生命的疾病，否则不要使用抗生素。
然而，对于我们已经出生的人来说，我们没有办法重来一次。如果你是顺产、母乳喂养，很少接受过医疗干预，那么你很幸运，你应该感谢你的母亲，至少你拥有一个健康的基础。如果你很不幸是剖腹产出生而且是配方奶粉喂养，那么你的微生物群落很可能受到了影响，不过不要着急，我们的微生物群落是在不断变化的，通过健康的饮食和生活方式可以在一定程度上弥补，帮助我们重新恢复健康的微生物群落。
阑尾切除术
几十年来，我们一直认为阑尾是一种不必要的退化器官，除了发炎和需要手术切除之外，没有任何真正的用途。但是，事实证明阑尾拥有着非常重要的作用：它会储存多余的好细菌，以备我们的不时之需，比如发生旅行者腹泻或病毒性疾病之后。我们可以把阑尾看作是有益微生物的储存库，可以帮助我们在肠道菌群破坏后重新定植我们的胃肠道。外科医生对阑尾切除术的门槛通常很低，有时甚至在没有明显炎症的情况下做出切除阑尾的决定。在医学上，我们也看到过类似的例子，这种以防万一”的心态最终导致了糟糕的结果，比如女性生殖器官被摘除后会过早进入更年期。就像子宫除了生孩子还有其它功能一样，阑尾在我们的微生物群落健康中扮演着重要的角色。
日常微生物破坏因素现代社会另外一些最有问题的做法就是我们每天都在无休止地追求清洁。修复我们的微生物群落和恢复我们的健康的一个主要部分是要认识到清洁并不意味着更好，事实上它有时可能意味着更糟。
杀菌消毒日用品
随着年龄的增长，我们体内和体表的细菌物种数量和多样性会增加。事实上，被大量不同的微生物所定植对我们是有好处的，使用各种杀菌消毒日用品来清除它们对我们的危害远远大于好处。与普通的肥皂相比，那些以抗菌”为卖点的产品没有任何优势。就像过度使用抗生素一样，过度使用杀菌消毒剂，也可能会消灭一些重要的细菌物种，使其永远无法完全恢复，导致微生物群落多样性下降，变得更加脆弱。
一个健康、清洁的生活环境似乎至关重要，但是过度卫生反而可能弊大于利。当前人们谈菌色变，使用各种杀菌消毒剂实际上可能导致社会饱受自身免疫性疾病的困扰。有的父母特别爱干净，不舍得让孩子沾一点地，担心地上的灰尘和细菌会沾染到孩子身上。但是，孩子们其实特别享受淤泥和尘土，拥有回归自然的天性，这种天性可能更有利于长期的健康。
适当接触微生物对于孩子尤为重要。正如肌肉需要训练变得更加强大一样，免疫系统也需要训练才能有效地工作。不经过训练，一旦发生事情，免疫系统就可能过度工作，不是去攻击病原体，而是攻击身体本身。当孩子接触各种微生物时，它们能够有效地刺激他们的免疫系统，然后帮助免疫系统有效地识别潜在的病原体。如果没有这种训练和刺激，免疫系统的功能则可能出现差错。各种杀菌消毒剂的使用正在减少孩子们接触微生物的机会。
含氯的饮用水
早在20世纪初，人们就开始对公共饮用水进行常规加氯消毒处理，以防止霍乱和伤寒的爆发。虽然广泛的加氯消毒处理已经成功地减少了水传播疾病的传播，但是我们也为此付出了代价，这对我们的有益细菌也造成了巨大的伤害，即使是低水平的氯也会对我们的微生物产生毒害。
为家庭使用而设计的水过滤器可以去除自来水中的大部分氯。但是经过过滤处理的水仍然对我们的微生物群有一定的损害，除了未完全过滤掉的氯，它还可能含有其它多种不同的污染物，包括抗生素。或许更好的办法是检测水中是否带有有害病原体，比如霍乱和伤寒，而不是使用抗生素和氯等化学物质，不加选择杀灭水中的所有微生物，包括那些对于我们十分重要但是却在减少的有益微生物。
农业实践我们已经进入了一个悲惨的时代，尽管我们的医疗技术和水平日新月异，但是我们的健康水平却并不那么乐观，甚至变得更糟了。这在一定程度上也与我们的农业生产方式从家庭农业向工业化农业的转变以及我们生产食物方式的巨大变化有关。以前，在农业生产中使用抗生素、激素和农药等物质并不常见。
抗生素与动物养殖
自上世纪50年代以来，一些供人类食用的动物养殖中，抗生素被作为一种促进动物生长的方式一直被常规使用。在销售的所有抗生素中，高达80%被用于畜牧养殖业，要么是为了促进动物的生长，要么是为了防止感染，因为这些动物通常生长在拥挤、不卫生的环境中，会增加患病的风险。由于抗生素的摄入导致肠道细菌的改变，可以使农场动物的体重增加15%，同样的情况也可能发生在食用它们的人身上。超重和正常体重的人有着明显不同的微生物群落，而抗生素可以引起其中的许多差异。
在动物中预防性使用抗生素也会导致耐药细菌的产生，对人类健康构成真正的威胁。因为具有耐药性的基因可以从农场动物的细菌传递到我们消化道内的细菌上，这使得我们治疗人类感染所需的许多抗生素最终都变得无效。我们已经看到了耐药性大肠杆菌和耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的爆发，这在一定程度上可以追溯到畜牧养殖业，当然，医院过度使用抗生素也在一定程度上导致了耐药性的问题。
农药
食品工业中使用的大多数农药都不会被人体吸收，所以它们可能不会对我们构成直接的风险，但是这些化学物质，比如草甘膦，可以破坏我们微生物的代谢途径。梭状芽孢杆菌和沙门氏菌等致病菌对草甘膦似乎具有抗药性，而乳酸菌和双歧杆菌等有益菌往往更容易受到草甘膦的影响，这可能导致菌群失调。
用新的眼光看世界
我们的现代医学实践和现代农业技术中似乎充斥着各种破坏菌群平衡的因素，这并不是要我们放弃现代医学或放弃提高食品生产效率的现代农业技术。但是值得我们注意的是，我们不仅应该仔细评估这些做法对我们自身健康的直接影响，也应该注意它们对我们的微生物小伙伴的健康所产生的影响。当这些实践首次被采用的时候，还没有人真正了解我们的微生物群落，也没有人知道这些微生物与我们的健康有多么复杂的联系。既然现在我们已经知道了，那么我们就有责任去重新评估这些东西，不仅仅要考虑现代实践的经济优势或者它们的便利性或者它们让我们的生活更舒适这一事实，我们还必须问问我们自己，我们的生活方式是帮助还是阻碍我们的微生物群落的健康生长，因为这最终将决定我们自身的健康。
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